中国—中东欧国家合作秘书处是中方机构，设在中国外交部，负责协调中国—中东欧国家领导人会晤、国家协调员会议等重大活动的筹备、举办和成果落实，协调组织经贸论坛等各类合作机制活动，以及沟通协调中国—中东欧国家合作其他各类事宜。秘书处设秘书长、执行秘书长、副秘书长，目前分别由外交部邓励副部长、欧洲司王鲁彤司长、欧洲司赵斌副司长担任。秘书处成员单位包括：外交部、中联部、发展改革委、教育部、科技部、工业和信息化部、财政部、交通运输部、农业农村部、商务部、文化和旅游部、卫生健康委、人民银行、国家广播电视总局、铁路局、民航局、共青团中央、贸促会、全国友协、工商银行、开发银行、进出口银行、国家铁路集团。秘书处办公室设在外交部欧洲司，负责处理日常事务。
　　中东欧各国任命国家协调员负责与秘书处的协调，共同推进中国—中东欧国家合作。